זה היה המלך בלה הרביעי, שהקים את הכנסייה הרומית-קתולית הזו, הידועה גם ככנסיית גבירתנו. הוא עשה זאת לאחר שהפולשים המונגולים עזבו את הונגריה בשנת 1242. לא נשאר הרבה מהבניין המקורי עקב הרחבות, מלחמות ושחזורים רבים, אך מה שיש כיום בהחלט מרשים.

לפי היסטוריונים, כנסייה, המכונה כנסיית מריה, עמדה במקום המבנה הנוכחי שנוסד על ידי סטפן הקדוש, המלך הראשון של הונגריה, בשנת 1015. עם זאת, אין עדות ארכיאולוגית לכנסייה המוקדמת הזו. השרידים המוקדמים ביותר של הכנסייה מתוארכים למאה ה-13, כאשר המלך בלה הרביעי (1206-1270) הוזמן לבנות כנסייה בגבעת קאסל לאחר הפלישה המונגולית בשנים 1241-1242.

החלק העתיק ביותר של הבניין הוא שער מרי (Maria Kapu) בכניסה הדרומית, שער שנבנה על ידי המלך Nagy Lajos, משושלת אנג'ווין במאה ה-14. גילוף האבן הגותי המפואר שבכנסיה מתאר את עלייתה של מריה הקדושה. Frigyes Schulek שיחזר את השער באמצעות חלקים ששרדו את מלחמת העולם השנייה. המלך Luxemburgi Zsigmond הגדיל את הכנסייה. חתונתו עם Cillei Borbala נערכה ממש שם.

שם הכנסייה מתייחס למלך מתיאס קורווינוס שהרחיב וקישט את המבנה בסגנון הרנסנס. הוא גם הוסיף את המגדל הגבוה הדרומי (60 מטר גובה) שנקרא מגדל הפעמונים מתיאס, הנושא את הסמל של הוניאדי עורב המחזיק טבעת זהב במקורו. מתיאס היה שליט נערץ מאד באותה התקופה והיה אחד מגדולי המלכים של הונגריה. הוא אהב מאד אמנויות ומדעים והזמין אמנים מפורסמים מחו"ל לסייע בהפצת נאורות הרנסנס בהונגריה. חצר המלוכה שלו היתה מפורסמת אפילו במערב אירופה והמבקרים בה שיבחו לא פעם את הפאר של ארמון המלוכה שלו.

מתיאס הוכתר למלך הונגריה בכנסייה ושתי חתונותיו (הראשונה לקתרין מפודיברד והשנייה לביאטריס מאראגון) נערכו בה גם כן.

בשנת 1541 כבשו הטורקים את בודה והפכו את כנסיית גבירתנו למסגד. חפצים רבים נלקחו משם על ידם, ציורי הקיר היפים סוידו לבן וריהוט מקושט הושמד והושלך החוצה. עד סוף המצור על בודה ב-1686, לא הרבה שרד את השנים העות'מאניות.

מהשרידים נבנתה כנסייה חדשה בסגנון הבארוק. בתחילת המאה ה-18 הכנסייה ספגה נזקים נוספים והיא שוחזרה לבסוף בסגנון ניאו-גותי על ידי Frigyes Schulek בשנים 1873-1896. המראה החיצוני וציורי הקיר מקורם בתקופה זו והם יצירותיהם של גדולי האמנים של הונגריה באותה התקופה. חלונות הוויטראז' הנפלאים בחלק הדרומי הם הדוגמאות הטובות ביותר לכישרונותיהם של אמנים אלה.

החלק העתיק ביותר של הכנסייה למרגלות מגדל הפעמונים הוא מהמאה ה-14. שם נמצאת היצירה הגותית האמיתית היחידה, אחרות הן רפרודוקציות. חלקים מהשער כוללים סימני חתימה של איגודי מלאכה של חוצבי אבן מהמאה ה-14.

חמש הקומות של מגדל הפעמון הן מהאה ה-13-15 ואילו החלק העליון עם גילופי אבן משוננים, מרפסת ומעקות הם מהמאה ה-19. בקומה השלישית של המגדל, בצד הדרום-מערבי, יש שכפול של המגן של המלך מתיאס, שהוצב שם ב-1470. המקור מוצג בתוך הכנסייה. פעמוני הכנסייה תלויים בחדר שמאחורי המגן. רק שלושה מהם שרדו. הגדול ביותר שוקל 3.2 טון.

ממגדל התצפית של הכנסייה נשקף נוף מדהים. אפשר לטפס למרפסת התחתונה בגובה 47 מטרים של מגדל הפעמונים או לעלות 197 מדרגות וליהנות מהפנורמה המקסימה. שיפוץ המגדל הסתיים בשנת 2015 והוא נפתח לקהל ב-21 באוקטובר 2015. שעות פתיחה: בין 10 בבוקר ועד 17:00. במקום נערכים סיורים מדי יום. 15 איש מקסימום יכולים לעלות.

בכנסייה מתקיימים לעיתים קרובות קונצרטים, בהם מככב העוגב. המקהלה והתזמורת של כנסיית מתיאס היא אחת הוותיקות בהונגריה, הפועלת ברציפות משנת 1688. עוגב הכנסייה נבנה על ידי מפעל ריגר קלוס בצ'כיה בשנת 1909, תודות לתרומתו של הקיסר פרנץ יוזף.